肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。

　　与切开术不同之处在于将瘘管全部切除直至健康组织。本法又适用于管道较纤维化的低位肛瘘。

　　方法：先从瘘管外口注入1%美蓝，继用探针从外口轻轻插入，经内口穿出。用组织钳夹住外口的皮肤，切开瘘管外口周围的皮肤和皮下组织，再沿探针方向用电刀或剪刀剪除皮肤、皮下组织、染有美蓝的管壁、内口和瘘管周围的所有瘢痕组织，使创口完全敞开。仔细止血后，创口内填以碘仿纱条或凡士林纱布。