结核性肛瘘也不少见，其起病较缓慢，局部疼痛不剧烈，较长时间才有破溃瘘外口；流出的脓稀薄，色白；内口较大，边缘不整齐；外口较多，边缘常凹陷；瘘管分支较多，情况较一般肛瘘复杂。

结核性肛瘘患者，常伴有全身症状，如低热、消瘦、贫血、纳差、乏力、盗汗、咳血等。在治疗中较化脓性肛瘘困难。

治疗上应选用全身抗结核药治疗，如雷米封、链霉素等。手术原则同其他肛瘘，但伤口愈合缓慢，易复发。